運輸及房屋局表示，截至目前為止，廣深港高鐵日後的實際班次安排仍未有定案。對於有報導引述港鐵公司內部文件指，西九龍站每日開出的190班列車，只有八班車不停站直通深圳或廣州，發言人澄清，港鐵零八年聘請中鐵第四勘察設計院集團就高鐵香港段的運營方案進行研究，報導引用當年研究的營運細節，僅作為規劃服務班次參考之用，而非最終的營運方案。
發言人又指，政府在零九年規劃高鐵時，已考慮提供多種不同班次及停站安排，部份會以福田或虎門為終點站。日後乘坐高鐵由香港往來廣州的行車時間，以不停中途站直達行車時間計算，會由現時約100分鐘，大幅縮短至48分鐘，重申當局在訂定日後行車班次時，需要考慮多方面因素，例如客流量需求、兩地行車組織及資源配置等。