中聯辦主任張曉明質疑，如果容許港獨組織登記參選九月立法會選舉，是否符合一國兩制、基本法和法治原則。他指，容許港獨人士堂而皇之，進入立法機關，是大是大非、原則和底線問題，應當深思和警醒。張曉明又表示，中央真心誠意希望香港保持原有的生活方式和制度，絕對無意使香港「內地化」，將香港變成另一個上海、廣州或深圳。
另外，政務司長林鄭月娥表示，有人毫不忌諱以港獨議題參選立法會，是違反基本法和一國兩制的憲制規定，她認同選舉管理委員會要求參選人簽署確認書，擁護基本法條文的新做法。至於參選人不簽署確認書，是否不能成為候選人，林鄭月娥指，由選舉主任決定，相信選管會作出決定時會考慮不同因素。