特區政府歡迎建立深港通。行政長官梁振英發表網誌，感謝中央政府對香港的支持及香港各方的努力，相信香港的金融業可以繼續壯大發展，為更多青年人提供高收入的就業機會。他指，香港比起內地城市，有「兩制」之便，比外國的競爭對手，有「一國」之利，反問沒有「一國兩制」，香港的金融業會否有好的發展前景。
財政司司長曾俊華指，建立深港通對兩地是互惠共贏的發展，將有利內地的資本市場，在風險可控的情況下，進一步對外開放及推動人民幣國際化，同時亦有利國際投資者經由香港市場更全面投資內地市場，從而鞏固香港作為國際金融中心及主要離岸人民幣樞紐的地位，為香港金融業的發展，創造更好的條件。