香港中學校長會執委會發表聲明，表示不贊同香港獨立的主張，反對任何意圖入侵校園的政治干擾，對學生進行教唆或洗腦教育；但學校應給予學生空間關心及多角度討論香港前途的不同議題；學校會執行專業自主的校本管理，學校所有活動，任何校內及校外人士都應尊重。
校長會義務總幹事黃謂儒說，不應該禁止學生在學校的框架下，在校長教師及家長容許的情況下討論港獨議題，否則就是一種洗腦。校長會主席李雪英說，教育局不需要再就學校處理港獨議題發出任何指引，學校已經有足夠的根據來處理。