審計報告指，教資會會議開支逐年增加，由零五年度的三百九十萬，增至一四年度的三千二百萬，上年度就花費超過一千六百萬。過去兩年，教資會為海外委員提供的酒店住宿費達四百四十萬，全部報價都是來自五間高級酒店，委員往來亦可以乘搭商務客位。教資會解釋，由於接待的都是海外頂尖院校的翹楚，因此應該安排同地位相稱的住宿水平，以免他們拒絕邀請。
審計報告又批評教資會和研資局的利益申報機制。有研資局成員，在四年間都無提交利益申報；部分學年的申報表，研資局更加未能找到。而教資會同樣未能提交部分成員利益申報表外，有成員出席會議比率低至不足三成。教資會表示，一直有跟進遺失登記表的情況，並會採取補救措施，加強保管工作，亦會提醒成員按時完成審批工作。