政府向立法會提交的文件顯示，截至九月底，高鐵香港段項目整體工程已完成84%，較二次公布延誤至2018年的完工目標，進度稍為快。路政署關注西九龍總站的混凝土結構工程是否能按時完成，已督促港鐵檢討及要求承建商安排足夠的人手，開拓更多施工點及改善施工程序，加快進度。文件又指，現時跨境段隧道內地段的工程時間表非常緊迫，有可能會影響在明年第二季進行跨境動態測試的計劃，港鐵正透過政府與內地建設單位保持緊密聯繫。
截至九月底，就高鐵香港段建造已批出合約的累計支出約為五百八十億元。