運輸及房屋局副局長邱誠武在立法會一個委員會表示，沙中線沿線的何文田站以及南港島線金鐘站，相關工程隨觀塘線延線及南港島線工程同時展開，受整體工程延誤影響，兩站相關工程亦因延誤，加上南港島線路面連接工程的超支部分，合共需向立法會尋求增加約十一億多元撥款。
公民黨陳淑莊批評，港鐵每次都指工程複雜，地質或地下管線情況未如預期而超支，質疑事先未做好勘測工作；郭家麒就要求，由港鐵自行承擔超支費用，否則相信財委會將阻止撥款。港鐵解釋，部分前期勘測工作，只能在行人路而非馬路進行，以免影響交通，因此有偏差；邱誠武就指，追加撥款涉及的沙中線工程由政府擁有，因此額外費用亦要由政府承擔。