康文署副署長吳志華在一個介紹故宮活動上表示，在西九文化區興建香港故宮文化博物館，並非康文署的項目，但署方歡迎香港和故宮透過在香港興建博物館加強合作，指項目有助推動香港博物館事業蓬勃發展，可深化及擴大香港與內地同海外的文化交流。
吳志華並無回應，是否在香港故宮文化博物館落實興建前已知悉，以及項目是否繞過康文署，他強調康文署有透過民政事務局，分享發展博物館的經驗及資料。