港鐵東涌站附近懷疑有人誤闖路軌，機場快綫及東涌綫列車服務一度受阻，港鐵職員巡視後並無發現，列車服務及市區預辦登機服務，在傍晚六時四十分左右陸續回復正常。
事故期間，機場快綫及東涌綫列車行經部份路段時要慢駛，機場快綫一度每十五分鐘開出一班；東涌綫就每四分鐘至十二分鐘一班。市區預辦登機服務的截止時間，亦一度由航班起飛前九十分鐘，改為一百二十分鐘。