有報道質疑運輸及房屋局，為評估新航空交通管理系統而委聘的英國國家航空交通服務有限公司(NATS)的獨立性。運房局回應指，委聘考慮多項因素，包括公司具備豐富專業知識和經驗，可以提供不同機場轉換新航管系統的參考經驗；熟悉香港獨特的空管運作環境，包括區内複雜的空域、跑道容量限制等，而且能夠在運房局要求的短時間內，為新航管系統進行深入的評估工作。
發言人補充，英國國家航空交通服務有限公司是當時唯一符合所有條件的服務供應商，因此決定以單一報價方式委聘，過程完全符合政府的既定採購程序；而公司從未參與新航管系統的開發過程，因此作為評估新航管系統準備狀況的獨立顧問，不存在角色衝突。民航處亦發表聲明，指整個委聘工作由運房局全權負責，民航處只提供技術方面的資料，並無參與相關會議。