身兼西九管理局董事局主席的政務司長張建宗在立法會一個委員會上說，立法會對西九文化區的一筆過撥款，只足以興建第一批和第二批的大部份設施，現時結餘約二百億元，預計第一批設施落成後，營運開支會增加。他強調西九管埋局不是管理不善，而近年建築成本大增、環境投資回報下跌，加上公眾參與時間長，令財政面對挑戰，因此政府提出加強版財務安排，足以證明政府對文化產業的支持和承擔。
西九管理局預計，要完成文化區第二區餘下設施和和第三批核心設施，需要一百一十七億元，但由於施設取得收入的時間較原先大幅延遲，以及投資回報不如預期，估算一七/一八年度起將面對赤字，未來三年總營運赤字為十億元。