有報道引述消息指，廣深港高鐵內地口岸區佈局方案的圖則，曾呈交內地鐵路部門審批，工程於半年前動工。運輸及房屋局指，當局目標是在高鐵香港段通車時，在西九龍總站落實「一地兩檢」，由於香港段工程預期明年第三季完成，必須在討論落實「一地兩檢」的法律安排的同時，全力推進口岸設施的建造工作，以配合通車目標。立法會財務委員會在一零年通過高鐵工程項目撥款申請，已包括興建邊境管制設施。

港鐵回覆指，去年底的季度報告，已匯報工程進度，包括西九龍總站B2及B3層的內地海關、出入境及檢疫設施位置，約四千五百米的內牆，已完成約八成九的工程，已完成的房間亦陸續交付，以進行室內裝修工程，按現時的工程進度，仍以明年第三季投入服務為目標。港鐵表示，作為高鐵香港段項目管理人，負責項目相關的設計及建造，公司知道政府一直與內地相關部門，就一地兩檢方案進行商討，港鐵會積極配合政府安排。