有團體引述匿名信，指機場第三條跑道填海工程採用劣質物料，擔心造成污染。運輸及房屋局副局長邱誠武在立法會跟進三跑工程的委員會上表示，當局亦收到有關匿名信件，並已經轉交海關，如果發現有不實情況會調查，環保署亦會監察環境狀況。機管局說，指控並無事實根據，每一次填料運送到填海區時，都會進行測試，現時已測試的八百個樣本，全部符合要求，水質檢測亦未發現有問題。
委員會通過建議，要求機管局提供承建商採購填海物料的價格和來源地等資料。但機管局表示，物料價格屬商業敏感資料，不便公開。