繼屯門興德學校後，元朗惇裕學校亦被指有「影子學生」問題，懷疑校方容許三名缺席考試或缺課的學生升班，並保留他們的學位。教育局回應表示，惇裕學校並無「縮班」危機，校方亦有向局方呈報缺課的個案，但在呈報程序和跟進缺課個案方面，仍有需要改善的地方，局方已要求校方改善，並會緊密和學校跟進，並會審視學校申報的學生缺課個案，向學生和家長提供所需服務，以確保學生接受教育的權利。
教育局又表示，會研究改善現行點算學生人數的方法，令所收集的資料更準確。