機管局興建機場第三跑道系統的1415億元建造成本中，約690億元將透過借貸融資獲得。機管局接納顧問建議，預計一八至一九年度下半年起，以發債等方式融資，其中機構債券融資額約300至430億元，零售債券約50億元，商業銀行貸款200至300億元。由於三跑客運大樓有多項環保特點，預料項目符合發行綠色債券的標準。
機管局計劃在一八至一九年度，至二零二四至二五年度，就三跑作各項不同年期的發債和借貸。