香港馬拉松2018籌備委員會回應網上有言論指，多人以信用卡支付報名費後，戶口出現不明交易紀錄，懷疑信用卡資料被盜用，表示經調查後，報名及繳費系統承辦商確認，至目前為止報名系統沒發現被不當進入、有任何異常活動或保安漏洞，呼籲參加者如發現信用卡戶口有非授權或不正常交易，應盡速報警及聯絡銀行。
大會表示已公佈額外付款方法特別安排，讓未完成付款程序的第二輪中籤本地跑手，可透過郵寄支票方式繳交報名費，付款限期亦將延遲至本月二十五日。