特區政府與廣東省政府，簽訂高鐵西九龍總站實施一地兩檢的《合作安排》，列明內地派駐西九總部的人員，在「內地口岸區」以外區域並無執法權。行政長官林鄭月娥說，特區政府將請求國務院提請全國人大常委會，批准《合作安排》，預料人大常委會下月討論，希望特區政府能在明年二月，向立法會提交本地立法草案。林鄭月娥強調，一地兩檢有堅實的法律基礎，有信心《合作安排》獲人大常委會通過，但承認本地立法才是困難所在，希望議員，特別是非建制派，能基於市民有期望，加上通車有期限，可以順利通過本地立法。

林鄭月娥表示，《合作安排》與政府七月公布的方案，大致相同，但要尊重內地的法律程序，所以未能全面公開，承諾一旦人大常委會通過，就會公開。她又說，若果在本地立法過程中，找出之前未被發現的問題，可以改善本地立法的法例，又同時吻合合作安排內容的話，是要由全國人大常委會再討論，但相信《合作安排》的框架，可以滿足有效落實一地兩檢工作的需要。