特區政府同廣東省政府，簽訂實施高鐵一地兩檢的《合作安排》，民主派議員批評政府沒有公布協議詳情，是「黑箱作業」。一地兩檢關注組召集人、公民黨陳淑莊要求政府盡快公布協議全文，如有錯漏或問題，可在下月人大常委會議審議前，提交修訂協議或補充文件。民主黨胡志偉質疑，政府做法是故意隱瞞方案細節，強迫市民接受，破壞市民對政府信任，並指政府簽署後無法對內容作出修訂，只由人大常委通過。

實政圓桌田北辰指，協議重點在七月已經公布，政府要趕及年底提交人大常委會審議，在立法會通過無約束力議案後，隨即簽署合作安排是合理的做法，他又指會密切留意政府在本法立法階段，有否依照目前的協議框架草擬法案條文。民建聯陳恒鑌認為，相關協議只是框架式文件，將來在本地立法階段會再落實相關細節，要按步就班進行，根據目前的進度相信可在年底前完成「三步走」程序的首兩步。