運輸及房屋局表示，港珠澳大橋主橋工程估計會超支約一百億元人民幣，特區政府會在超支幅度獲確認後向立法會匯報，申請追加撥款。 發言人表示，位於內地水域的主橋自動工以來，人工及材料價格上漲，加上調整設計及施工方案等，令建造成本增加，港珠澳大橋管理局完成審查調整預算，上報國務院，預計部分超支金額由三地共同承擔，其餘部分則由港珠澳大橋管理局向銀行借貸。

正在北京訪問的財政司長陳茂波指，目前未清楚本港具體的分擔比例，當年簽署興建大橋協議時已定出機制，政府會按既定程序申請撥款；民建聯的立法會議員陳恆鑌估計，本港可能需要承擔四十三億元的超支費用，指政府早已知道港珠澳大橋會出現超支，對當局在接受傳媒查詢時，才公布有關金額感到突然，認為應更早向立法會匯報。公民黨郭家麒批評政府隱瞞，要求盡快交代，如果問題出於承建商監管工程上，政府不應負責。