審計報告批評醫管局對醫院工程項目的管理有問題。報告發現，明愛醫院第二期重建工程，核准工程預算大幅增加超過四成，認為局方未有準確估算工程成本，而在工程期間，工人意外率顯著高於醫管局及發展局採納的上限，促請醫管局加強審核工程設計，及確保工地安全。
審計報告亦檢視北大嶼山醫院第一期的設施使用情況，指部分服務未有如期啟用，醫院大樓及醫療設備亦未有被充分利用，期望醫管局管理層交代。