審計報告批評，醫管局在明愛醫院第二期重建計劃，無準確估算工程成本，最終超支四成；又指北大嶼山醫院的部分醫療服務，未能如期啟用，令部份醫療設備，未使用就已經過左保養期；醫管局回應指，會進一步加強醫院項目的規劃、行政及監察工作，包括確保工程項目估算盡量準確，並加強工程與醫療人員之間的協調，令建造工程配合在附近醫院大樓進行的醫療手術時間。
醫管局又指，會密切監察醫療服務啟用進度；並研究臨時措施，善用新醫院內的空置地方，令醫療設備達至更佳的使用率，同時加強小型工程項目的規劃及執行，改善醫管局設施老化的情況。