食物及衛生局長陳肇始回應審計報告指出，北大嶼山醫院第一期的設施及服務未有如期啟用，醫院大樓及醫療設備亦未有充分利用。她指局方和醫管局都留意到報告，會加強資源採購、醫院管理和監察方面工作，但解釋病床未能全面啟用是因為人手不足，而且醫院有營運時間表，會在增加人手後再檢視。
另外，陳肇始指醫管局為應對冬季流感高峰期，會要求醫護人員加班、聘請兼職醫生及外援，強調只是短期措施，長遠會增加本地醫護生學額。