全國人大常委會在下午的閉幕會議上，以全票一百五十八票，通過關於批准廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施「一地兩檢」的決定草案。人大常委會並確認香港與廣東兩地政府簽署的《合作安排》符合憲法及基本法，西九龍站內的內地口岸區，設立及具體範圍，由國務院批准，口岸啟用後，如果對《合作安排》有修改，需要國務院批准。
決議案指，人大常委會已充分考慮香港特區及內地各方，對高鐵連接口岸設置及通關查驗模式的意見，認為在西九龍站實施一地兩檢是必要的，設立內地口岸區，不改變香港特區的行政區域範圍，不影響香港依法享有的高度自治權，亦不減損香港居民依法享有的權利及自由，強調內地派駐口岸區的機構，會依照內地法律履行職責，範圍嚴格限制在內地口岸區之內，不同於基本法第十八條，將全國性法律在整個香港實施的情況。