國務院港澳辦發言人表示，全國人大常委會根據國家《憲法》和香港《基本法》，批准在西九龍站實施一地兩檢的安排，鞏固了一地兩檢的法律基礎，全國人大常委會是最高國家權力機關的常設機關，決定具有法律效力，內地和香港特別行政區均須執行。發言人又相信，香港社會各界，特別是立法會能夠以理性務實態度完成一地兩檢本地立法和其他相關工作，確保廣深港高鐵香港段如期建成通車。
香港中聯辦負責人則指，一地兩檢《合作安排》的合憲性、合法性毋庸置疑，在廣深港高鐵西九龍站設立口岸實施一地兩檢有利於保持香港國際金融、貿易和航運中心地位，有利香港更好地融入國家發展大局，及拓展未來發展空間。