行政長官林鄭月娥說，香港在興建廣深港高鐵香港段過程中，是體現香港特別行政區自治，對於有揣測指，是中央要求興建高鐵香港段和在西九龍總站實施「一地兩檢」的說法，完全不正確，指有關批評是「有少少屈中央」。她又說，香港作為特別行政區，若中央不尊重香港的高度自治，是可以叫停項目，強調本港政府是希望更好地融入內地發展，才提出興建香港段，亦不會為了開通鐵路，而放棄一國兩制。
林鄭月娥又說，1990年頒布基本法時，無人可以預計高鐵發展如此迅速，所以認為一定要在基本法找一條條文說明如何做高鐵一地兩檢，是強人所難。