廣深港高鐵香港段由香港至福田的票價定為八十元，往廣州南票價二百六十元。立法會鐵路小組委員會主席田北辰認為，高鐵往深圳福田與現時的落馬洲支線相比，車程更舒適，票價增幅只是約一倍，相信可以吸引商務客，及方便未來往深圳創業的港人即日往返。立法會鐵路事宜小組委員會副主席、民建聯議員陳恒鑌認為票價吸引力不足，相信不少市民，特別是新界區居民會選擇到深圳乘坐高鐵往廣州。他認為高鐵香港段應加密班次、和在開通初段提供票價優惠，才能提升吸引力和競爭力。
公民黨議員陳淑莊質疑票價的吸引力，指政府在追加高鐵撥款時，未有交代載客量估算和經濟效益等數字，要求盡快交代。