運輸及房屋局和港鐵向立法會提交文件，指初步調查顯示，本月十一日東鐵綫信號系統故障，和列車控制系統的軟件運作有關。初步調查指，事發時列車控制系統的「主系統」曾經發出一個無效訊息，令系統運作不暢順，「主系統」隨即自動轉換到「後備系統」運作，但仍不暢順；工程人員於是按既定程序，分別重置和轉換兩個系統，但仍未能修復，工程人員後來成功以手動方式，啟動「額外備用系統」，列車控制系統才恢復正常運作。港鐵已即時採取短期措施，避免再次出現同樣情況，包括加快啟動「額外備用系統」的時間，增派工程人員在主系統設備室二十四小時當值，監察系統運作等。港鐵亦已經聯繫系統供應商，預計需時約兩個月完成工作，加強系統穩定性。

港鐵又表示，已大致完成安裝東鐵綫的信號系統新設備，正分階段進行測試，預計明年將會完成，可以投入服務。