運輸及房屋局長陳帆在一個電台節目表示，廣深港高鐵營運初期，有可能需要政府補貼。陳帆在一個電台節目表示，所有生意都有啟動期，高鐵初期需要政府補貼並不出奇。但他強調，過往的西鐵和機場等基建項目，客量都比預期多，未試過長期需要政府補貼，認為要抱有信心，預計高鐵營運八至十年後會有盈利。
陳帆又指，廣深港高鐵開通初期，長途路線需要「跨線」到京廣線或杭福深線，國家鐵路總公司需要統籌列車使用時段，將部分時間讓給廣深港高鐵。陳帆表示，內地高鐵路線網絡非常繁忙，越線安排較複雜，廣深港高鐵開通後，每日有十三對長途列車，來往北京、上海等地，至於以西安作為終點的班次，需要再與國家鐵路總公司商討。