西九文化區管理局預計，今個財政年度會有三億一千萬元營運赤字，未來兩年會進一步增加至逾六億元，三個財政年度累計赤字會達到十七億元。民政事務局常任秘書長馮程淑儀，在立法會一個委員會上表示，政府預計十年內，西九文化區都不會達到收支平衡。
多名議員批評西九文化區是一個「無底深潭」，西九文化區管理局董事局主席唐英年回應指，文化區前期工程興建較多文化相關的設施，包括戲曲中心、黑盒劇場等，但其他餐飲和零售設施要等待綜合地庫落成才可以動工，故原本計劃作為穩定經常收入來源的租金收入，目前暫時不能彌補營運赤字。