港珠澳大橋管理局表示，大橋開通後，會有過境旅客穿梭巴士，分為港澳線和珠港線運行，兩條線路合共投放一百四十輛巴士，大約每十分鐘一班，並逐步加密到三至五分鐘。管理局又指，大橋會採取「三地三檢」的通關模式，並會實行廿四小時通關，其中珠海和澳門之間，會採取「合作查驗，一次放行」的新模式。在「三地三檢」之下，三地口岸由香港、珠海和澳門三地政府各自負責設立和管理，口岸設在各自屬地之內。
本港運輸署亦宣布，港澳政府將容許合資格的香港和澳門跨境私家車，經大橋往來兩地。供香港私家車使用的常規配額，分為公司配額及個人配額兩類，每類配額各有一百五十個，有效期為三年，可以不限次數經大橋進出澳門市內。而申請配額，不設最低投資、入息或納稅金額的要求，中小企和一般在澳門工作的香港人均可以申請。