全國港澳研究會副會長劉兆佳表示，據他了解，國務院機構將有相當大規模改造，部委數目會大幅減少，最後版本現時未清楚，但國台辦和港澳辦合併可能性很大。劉兆佳表示，如果屬實，符合中央要求精簡架構的方針，由於國台辦和港澳辦都是相對較小的部門，合併統籌台港問題，有助節省資源和精闢簡政的作用，理順新時期的兩岸緊張關係，也更有利處理港獨台獨等威脅，貫切中央政策方針。
劉兆佳認為，改組並非針對台灣和香港，而是配合國家的新時代中國特色社會主義，提升黨和國家的領導和治理能力，推進深化改革開放，以及應對複雜國際形勢。