全國政協會議建議修改政協章程，當中在港澳部分，加入「全面準確貫徹一國兩制、港人治港、澳人治澳、高度自治的方針」等字句，鼓勵港澳同胞，為保持港澳地區「長期」繁榮穩定做貢獻。在宗教方面，在原本寫「要積極引導宗教與社會主義社會相適應」的後面，增加「堅持我國宗教的中國化方向」。
另外，政協章程中有關成為政協委員的條件，加入要保守國家秘密及廉潔自律，嚴重損害國家和人民利益的，因嚴重違紀違法被給予組織處理處分或被判刑，以及涉嫌違紀違法正接受調查處理的，不得提名為政協委員。