港鐵就東鐵綫列車服務，在一月十一日早上一度全綫暫停約兩小時的事故，向政府提交調查報告，指事故起因是列車控制系統內，負責執行列車調動特定指令的軟件程式，有隱藏的編碼誤差。報告指出，當日列車控制系統執行特定指令時，觸發了在特定情況下出現的軟件儲存資源問題，令系統的軟件發出「無效訊息」，導致列車控制系統伺服器及所有工作站停止運作。雖然系統即時自動切換至後備系統，但不暢順情況持續；工程人員以手動方式啟動額外備用系統及工作站後，系統回復正常運作。
港鐵信號系統供應商專家確認，事件與東鐵綫正進行的信號系統更換工程無關。港鐵為避免同類事件發生，已下載新的列車控制系統軟件，糾正編碼誤差，並二十四小時監察系統及軟件儲存資源運用等。