早前亦有消息指港澳辦與國台辦合併，但國務院機構改新方案最後未有出現。台灣人大代表張雄說，兩辦不能合併，因為現時對台的工作愈來愈重要，而且港澳實行一國兩制，已經回歸，台灣則未統一，在政策對象不一樣下，機構合併的可能性不大。