港鐵東鐵線今年1月發生故障，全線暫停運作兩小時，港鐵在立法會一個委員會上說，事故起因在於列車控制系統有隱藏的編碼誤差，由於列車調動和班次增長，令誤差發揮作用，和東鐵線信號提升工程無關，港鐵聘請了獨立的信號系統專家，完成調查，已向政府提交報告，並會更新出問題的軟件，確保可以消除今次的問題。
港鐵又表示，正和運輸署研究接駁巴士可否增加路線，改善排隊安排，但接駁巴士載客量始終有限，最重要是如何提早發放資訊，港鐵亦正和入境處溝通，如出現事故，可以及早通知由內地來港的乘客，讓他們可以選擇使用其他口岸。