運輸署表示，港珠澳大橋啟用初期，屯門至赤鱲角南面連接路尚未啟用，來往香港口岸及市區的跨境及本地交通，必須取道機場島上的道路，將在大橋啟用初期採取臨時特別交通安排。包括分階段向持有使用大橋的粵港兩地牌跨境私家車配額申請人，發出「封閉道路通行許可證」，在大橋啟用前發出最多5000張許可證，啟用三個月後額外發出最多3000張許可證，當屯門至赤鱲角南面連接路主線啟用後，陸續發出其餘許可證，並容許現時持有配額使用其他口岸的兩地牌跨境私家車，免手續試用大橋。

署方又會限制，前往香港口岸及機場的部分本地工程車，在非繁忙時間使用機場及大嶼山附近的連接道路；有需要時安排部分來往香港口岸的專營巴士，改行車流量較低的連接道路。運輸署表示，當屯門至赤鱲角南面連接路主線啟用，會視乎實際的交通情況，調整特別交通安排。