在立法會上，民建聯議員陳克勤說，回收基金秘書處、生產力促進局於處理基金申請、監察項目進度等範疇的開支高達1千3百萬元，佔批出資助總額的百分之十二，平均每個資助項目的行政開支高達10萬元，批評有部份資助只有數千元，行政費用卻高達10萬元。
環境局局長黃錦星表示，回收基金秘書處不只處理行政工作，還有各項專業服務，又指由於行業的參差較大，故有部份資助項目金額會較細，以便業界人士申請。