西九文化區管理局證實，在M+博物館項目中，繞過承建商新昌，直接向主要分判商支付款項，相關決定獲得董事局批准，目的是確保1600名工人能夠獲發工資、持續就業，並穩定所有參與這個項目人士的信心。管理局指，每月向主要分判商支付的款項，由新昌提交給第三方合約管理人審核和批准，並從管理局支付新昌的合約應付款項中扣除，有關項目的最終成本，要等待工程竣工後才能確定，但目前無意向政府尋求額外的資金。
管理局指，這個安排不是一般做法，但亦非絕無僅有，香港亦有項目採取類似的安排，並表示已經在去年十二月，以及今年一月，在立法會財委會上交代支薪安排。