西九文化區管理局證實，在M+博物館項目中，繞過承建商新昌，直接向主要分判商支付款項，指相關決定獲得董事局批准。新昌集團表示，與管理局商討後，決定由管理局按第三方核實的工程費用，直接向工程主分判商付款，以穩定主分判商的信心繼續工程，而有關費用由管理局支付新昌的工程建造費扣除。
西九管理局指，有關項目的最終成本，要等待工程竣工後才能確定，但目前無意向政府尋求額外的資金。管理局又表示，安排不是一般做法，但亦非絕無僅有，香港亦有項目採取類似的安排，並表示已經在去年十二月，以及今年一月，在立法會財委會上交代支薪安排。多名立法會議員批評西九管理局開壞先例，質疑行政總裁柏志高誤導，甚至存心欺騙議員。