國務院根據國家主席習近平及總理李克強的批示，派遣調查組趕赴吉林，對長生生物違法違規生產狂犬病疫苗展開徹查。調查組組長、市場監管總局副局長畢井泉主持召開調查組第1次全體會議，要求重點圍繞7個方面開展工作；包括徹查涉案企業違法違規行為，全面查清違法違規事實和涉案疫苗流向；依法嚴懲違法犯罪行為，對直接責任人依法嚴懲，若發現公職人員失職瀆職要嚴肅問責；研究提出分類處理救濟措施；妥善處理涉案企業後續工作；及時公布案件調查進展情況，及研究改革完善疫苗管理體制。
調查組根據工作需要，下設案件調查組、監管責任組、綜合組和專家組等工作組。調查組又聽取吉林省政府、藥監局檢查組的工作匯報，中央紀委國家監委、公安部、國家衛生健康委及證監會通報前期工作開展情況。