政府批評港鐵，七月提交給路政署的沙中綫紅磡站擴建工程圖則，與獲屋宇署同意的不相符，亦與港鐵六月中提交的事故報告有矛盾，採用的螺絲頭數量少了2000個，港鐵至今未有合理解釋。運輸及房屋局長陳帆指事態嚴重，已報警處理，認為沙中綫工程項目管理團隊有不可推卸的責任，要求港鐵解除相關管理人員的職務。路政署長鍾錦華批評港鐵，擅自更改設計，無向屋宇署入則，是不能接受，對港鐵沙中綫管理團隊失去信心。警方西九龍總區重案組正就案件進行全面刑事調查，包括審視大量文件及資料，並與有關政府部門及機構保持緊密聯絡，暫時無人被捕。

港鐵就事件致歉，董事局決定改組管理團隊，工程總監黃唯銘已經請辭，即時生效，沙中綫另外三名總經理亦會離職；行政總裁梁國權提早退休，但董事局希望他留任至繼任人到位，董事局已成立遴選委員會，在全球招聘新的行政總裁。主席馬時亨說，他曾兩度向行政長官林鄭月娥請辭，獲對方挽留，期望他留下處理聘用新行政總裁事宜。