行政長官林鄭月娥表示，沙中綫紅磡站擴建工程的問題，可能涉及虛假文書等刑事罪行，得悉警方西九龍重案組正在調查，而政府成立的獨立調查委員會將會跟進事件，已被撤職或離職的港鐵人員都會受查。林鄭月娥又表示，已要求港鐵不可像幾年前高鐵延誤和超支風波中，補錢要人離職，因此未有完成合約的人員將不會獲得約滿酬金，如果有和表現掛鈎的酬金，董事局也會按政府的要求作出決定。另外，發展局正對涉事承建商採取規管行動，稍後會公布採取甚麼懲處，政府也會按委託協議，追究港鐵公司。
林鄭月娥表示，今次事件涉及有人無按核准圖則施工，即使有人辯稱改變圖則，比起原本設計更好，但沒有經核准圖則施工，以及沒有在提交資料時反映情況，都是不能接受，對本港工程界的專業水平造成一定傷害，她對董事局按政府的要求，採取行動表示欣慰。