運輸及房屋局長陳帆表示，政府預料廣深港高鐵日均乘客量是8萬人次，少於之前估計的10.9萬人次，是因為更新經濟數據，高鐵班次較早前估算少，而且乘客在高鐵營運初期有適應期，目前估算是實在和適當。他不同意公民黨立法會議員陳淑莊指，今次營運協議，是協助港鐵封「蝕本門」，他認為如果營運協議是「穩蝕」，港鐵將不會營運高鐵，強調建造高鐵的目的，是要方便市民，製造就業，帶動經濟增長，不應只著眼於是否賺錢或收回成本，舉例指政府興建公路等基建，目的也不是收回成本。
運房局副秘書長蔡傑銘就指，高鐵實際客量如果較預期相差15%以上，政府與港鐵將以「七三比」分攤盈虧，令港鐵不會太輕易就要政府承擔風險。港鐵車務總監劉天成表示，會爭取預留至少三成的高鐵車票在西九龍總站發售，確保港人可以買票。