運輸及房屋局長陳帆表示，政府預料廣深港高鐵日均乘客量是8萬人次，少於之前估計的10.9萬人次，是因為更新經濟數據，高鐵班次較早前估算少，而且乘客在高鐵營運初期有適應期，目前估算是向公眾顯現「最真切的一面」。陳帆又表示，已經和中國鐵總達成共識，日後高鐵的上座率如果達到七、八成左右，就可以啟動機制，商討加開班次。陳帆又指，建造高鐵的目的，是要方便市民，帶動經濟，不應只著眼於是否賺錢或收回成本，舉例指政府興建公路等基建，目的也不是收回成本。
至於高鐵的內部回報率，由早前估算的4%，下調至2%，運房局副秘書長蔡傑銘就指，主因是營運成本上升，又指高鐵香港段較多地下隧道，營運成本比內地段高，因此港方可以攤分到較大比例的票務收入，令高鐵可以自負盈虧，毋須政府補貼。