港鐵指，高鐵香港段西九龍站B4層之下，設有一層後勤通道，標示為B5層，有關樓層只供支援車站維修及作為消防緊急通道使用，不屬內地口岸區範圍，有關樓層由港鐵負責管理，亦並非乘客使用的區域。運輸及房屋局晚上作出進一步交代，指「B5層」是後勤通道，面積約3100平方米，設有冷氣系統、排水系統及排污系統等機房設施，亦會作救援及逃生之用，當局前年向立法會提交的季度報告中，亦有提及「B5層」正在施工，強調不存在任何隱瞞。
運房局又指，「B5層」的通道是西九龍站消防救援及逃生系統的一部分，按香港相關的建築物條例及消防相關安全守則設計，安排與香港其他鐵路車站相同，而只有獲港鐵公司發出許可證和授權的人士，才能經過「過境限制區」，進入有關區域。