港鐵指，高鐵香港段西九龍站B4層之下，設有一層後勤通道，標示為B5層，有關樓層只供支援車站維修及作為消防緊急通道使用，不屬內地口岸區範圍，有關樓層由港鐵負責管理。運輸及房屋局晚上作出進一步交代，指「B5層」是後勤通道，面積約3100平方米，設有冷氣系統、排水系統及排污系統等機房設施，亦會作救援及逃生之用，當局前年向立法會提交的季度報告中，亦有提及「B5層」正在施工，強調不存在任何隱瞞。
公民黨立法會議員陳淑莊表示，多年來只有一份文件提及Ｂ5層，用這個理由指沒有隱瞞是難以令人信服，而多個政府部門的文件，亦多次指Ｂ4就是最底層，批評當局是混淆視聽。