政府披露高鐵西九龍總站的樓層，除了「B5」層外，各個樓層之間，設有後勤用地，讓港鐵人員使用，亦作救援和逃生用途，由港鐵負責管理。政務司長張建宗強調政府並無隱瞞，運房局是開誠布公，不斷提供有關訊息，站內沒有任何秘密通道，相關後勤用地是供鐵路的維修保養之用，他又保證內地執法人員不會在其他地方出現，有關內地人員職務的操作細節，公眾在通車後就會清楚，沒有秘密可言。
港鐵車務總監劉天成表示，過去介紹車站設施時，純粹從乘客坐車及通關的角度，因此較少講無乘客設施的樓層，而港鐵在站內有約700名員工，承辦商都有數百人，有需要用到這些地方。有立法會議員就批評政府的披露方式，給人感覺遮遮掩掩。