有報道指，高鐵西九龍站地盤旁邊的圓方商場懷疑受工程影響出現沉降，附近屋苑漾日居基座的小巴站路面下陷，出現200毫米深的地洞。港鐵回覆查詢時說，車站的地基及主要挖掘工程2010年開展，去年初大致完成，期間圓方商場的沉降監測數值沒有超出需要即時停工檢視的指標。港鐵又指，工程期間曾收到附近屋苑懷疑受高鐵工程引致損毀的報告, 已按程序及在業主或持份者同意下，轉交公証行跟進處理。港鐵強調，車站及相關周邊工程，一直沒有影響附近建築物安全。
港鐵亦表示，報道提及出現大範圍凹凸不平的一段連翔道，正進行地下公共設施重置工程，預計今年年底完成，當中包括將行人路地台平整至原來水平高度及狀況。