西貢污水處理廠部分喉管及設施在風暴中受損，影響污水處理及排放，有在西貢街市賣海鮮的檔主指，今早出海捕魚期間駛經污水處理廠附近，海水比平時污濁，並傳出臭味，懷疑因颱風及污水影響，漁穫比平常少近一半。西貢漁民聯會會長鄭景文表示，颱風後不少漁船需時復修，大部份漁民均未有出海，因此未能肯定污水對業界的影響。立法會漁農界何俊賢就指，漁民對污水廠情況感到憂慮，促請政府短時間內評估污水對海洋生態環境及漁業資源的影響。
西貢污水處理廠因為設施損毀，暫時只能維持一級污水處理服務，渠務署表示，污水廠現時將經過一級處理的污水附加消毒程序，然後繞流作近岸排放，減低對附近水域影響。