廣深港高鐵香港段首日通車，運作整體暢順，在早上11時許，一段路段曾經出現電力裝置不穩，部分班次車速減慢，以及電力停頓，車廂內只能提供緊急照明的情況。港鐵車務總監劉天成解釋，是由於車務調動，有關時段有較多列車同一時間啟動和加速，觸動安全裝置，令電力短暫停頓，港鐵會完善車務調動的安排，減少類似情況。
此外，港鐵開啟5個指定櫃位，方便在內地官方鐵路售票平台「12306」網站訂票的市民和旅客取票，但出現輪候人龍，下午龍尾下午一度去到離境層盡頭，要實施人流管制措施，職員安排在開車前一小時仍未取到票的乘客，直接展示手機程式購票證明入閘。港鐵票務營運總管李聖基說，會再與中國鐵路總公司跟進，盡快改善。